Seguridad en un dominio

[amon-ra]

Quizas no sea el mejor foro para plantearlo, pero tenemos un servidor web que da alojamiento a varios dominios y nos ha ocurrido que alguno de ellos, que tiene cargado un mambo, ha debido de tener un bug y posibilita que un atacante utilize nuestra maquina para alcanzar otras redes. Esto nos ha ocurrido varias veces y hace que la maquina se cade casi totalmente sin servicio (se ejcutan varios procesos de perl que ocupan la mayor parte de cpu y memoria).
El problema es identificar el dominio que da el poblema y que nosotros no controlamos lo que se carga en cada dominio.
Mi pregunta es si existe alguna forma de controlar o monitorizar cada unos de los dominios que está sirviendo apache para poder identificar estos fallos (los logs no ofrecen mucha informacion) y si hardened gentoo (grsecurity) puede ayudar algo en esto.
Gracias de antemano